L'INED consolide ses liens avec les deux établissements publics à caractère scientifique et technologique (EPST) dont il est le plus proche, l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM) et l'Institut de recherche pour le développement (IRD)

Depuis 2002, des chercheurs de l'INED et de l'INSERM travaillent ensemble au sein d'une unité mixte de recherche intitulée "Epidémiologie, démographie et sciences sociales", à laquelle est aussi associée l'Université Paris XI. Des collaborations se poursuivent également dans des domaines aussi variés que l'étude des causes de décès, des facteurs génétiques des maladies, ou les statistiques de l'avortement.

Avec l'IRD, les relations se concrétisent à travers le Centre Population et développement (CEPED), Unité Mixte de Recherche regroupant les 2 instituts et l'Université de Paris V. L'IRD et l'INED partagent également leurs informations sur les observatoires de population d'Afrique subsaharienne.

Enfin, le Centre Maurice Halbwachs rassemble le CNRS, l'EHESS, l'INED, l'Université de Caen et le CIDSP de Grenoble. Avec le réseau Quételet, il a pour vocation de documenter et de diffuser largement les données d'enquêtes de la statistique publique à toute la communauté des chercheurs en sciences sociales.