Fondée sur une alliance entre biologie et sciences sociales, la Fondation est mise en place à l’automne 1942. À la Libération, cette institution jugée collaborationniste fait l’objet de toutes les convoitises : plusieurs grands mandarins républicains ou communistes se la disputent. Après de longues hésitations, le Général de Gaulle, chef du gouvernement provisoire, finit par accepter la solution prônée par Robert Debré : créer un institut national de démographie récupérant l’un des locaux de la Fondation, et la petite partie de ses effectifs (7 %) qui se consacrait à la population.

L'Institut national d'études démographiques est créé par l'ordonnance 45-2499, le 24 octobre 1945. L'ordonnance définit ainsi la mission de l'Institut : « L'INED est chargé d'étudier les problèmes démographiques sous tous leurs aspects. À cet effet, l'Institut rassemble la documentation utile, ouvre des enquêtes, procède à des expériences et suit les expériences effectuées à l'étranger, étudie les moyens matériels et moraux susceptibles de contribuer à l'accroissement quantitatif et à l'amélioration qualitative de la population et il assure la diffusion des connaissances démographiques. »

Le Général de Gaulle confie la direction du nouvel Institut au statisticien-économiste Alfred Sauvy, auteur en 1938 des premières mesures politiques de soutien à la natalité en tant que conseiller du président du Conseil Paul Reynaud.