Le début des années 1990 est marqué par la disparition d’Alfred Sauvy (1990), de Jean Bourgeois-Pichat puis de Louis Henry (1991). Les années 1990 voient également l'avènement à la tête de l'Institut et des unités de recherche d'une troisième génération de chercheurs, où coexistent polytechniciens, anciens élèves de l'ENSAE, diplômés de l'Institut de démographie de Paris (IDUP), normaliens, médecins, avec une augmentation progressive du nombre des femmes (les effectifs sont désormais à parité). Depuis 1990, l'entrée à l'INED se fait exclusivement sur concours après la thèse.

Les enjeux démographiques se modifient également avec l’ouverture à l’Est, la construction de l’Union européenne, l'apparition de nouveaux problèmes de santé publique, l’émergence de certains pays en développement et l’accélération du vieillissement dans les pays développés. De 1992 à 1999, l’INED voit se succéder deux directeurs: Jacques Magaud, entre 1992 et 1995, puis Patrick Festy, entre 1995 et 1999. Au cours de ces années, l’Institut se dote d’un nouveau logo (1994) et se connecte dès 1991 au réseau Internet, entrant ainsi dans l’ère des nouvelles technologies de l’information et de la communication. En 1998, l’INED déménage dans le XXe arrondissement, 133 boulevard Davout et accueille dans ses locaux ses partenaires (UIESP, CICRED).

En 1999, François Héran est nommé directeur de l'INED, fonction qu'il occupe jusqu'en 2009. Durant cette période, l’institution voit son image et ses moyens renforcés et la structuration des unités et des projets de recherche consolidée.

Depuis octobre 2009, Chantal Cases est la directrice de l’Institut.