Depuis 1999, les activités scientifiques de l’INED s’organisent autour de onze unités thématiques de recherches. Chaque chercheur appartient à une unité, et peut appartenir à deux s’il le souhaite. Chaque unité décide annuellement de ses orientations scientifiques qui se concrétisent par des projets de recherche collectifs, les «Projets phares» auxquels s'adjoignent les projets personnels des chercheurs, dits «Projets simples». La pertinence, le fonctionnement et l’activité de ces unités sont évalués tous les quatre ans par une Commission d’évaluation.