Depuis 1999, les activités scientifiques de l’INED s’organisent autour de douze unités thématiques de recherche. Chaque chercheur appartient à une unité, et peut appartenir à deux s’il le souhaite. Chaque unité décide annuellement de ses orientations scientifiques qui se concrétisent par des projets de recherche collectifs, les « Projets phares » auxquels s'adjoignent les projets personnels des chercheurs, dits « Projets simples ». La pertinence, le fonctionnement et l’activité de ces unités sont évalués tous les quatre ans par une Commission d’évaluation.